مفهوم امنیت در اندیشه مدرس در مجموع با رهیافت توحیدی مطابقت دارد. او نبرد حق و باطل را همیشگی و چالش امنیت را یک روند پیوسته ی تاریخی می داند. از نگاه او امنیت همتای بقا، و ناامنی هراس از نابودی است. امنیت در شمار زیرساخت های جامعه و وظیفه ی حاکمیت است؛ بر دیگر امور اجتماعی پیشی دارد؛ و بستر را برای تعالی جامعه فراهم می سازد.
در اندیشه ی امنیتی مدرس دو مرزبندی امنیتی برای «خود» و «دیگری» به روشنی دیده می شود. نخست «امت اسلامی» و دیگر جوامع، و دوم «جامعه ی ایرانی» و غیر ایرانی است. دو ملاحظه اساسی در این مرزبندی عبارتند از: «گسترش دایره ی خودی درباره ی مسلمانان و ایرانیان» به شکلی که کمتر کسی از آن بیرون بماند؛ و دوم «رابطه خوب با دیگر دولت ها به ویژه دولت های اسلامی و همسایه.
در اندیشه مدرس، ابعاد فرهنگی، سیاسی، اقتصادی، زیست محیطی و دفاعی برای امنیت بازشناسی می شود. بعد فرهنگی زیربنایی ترین بعد از ابعاد امنیت به شمار می آید؛ که بسترساز امنیت و ناامنی در دیگر ابعاد است. او «روح» و «فکر» ملت ها را گستره امنیت فرهنگی می شناسد و تهدیدهای آن را نابودکننده تر از جنگ نظامی می داند.
امنیت سیاسی در اندیشه مدرس، با استقلال میهنی، حاکمیت اراده ی اجتماعی، انتخابات آزاد، تمرکز قدرت در مجلس و خدمتگزار بودن کارگزاران حکومت تعریف می شود. از نظر او خودکامگی حاکمان، اخلال در انتخاب آزادانه مردم و سرپیچی از اراده مجلس تهدید امنیت سیاسی به حساب می آید.
در بعد اقتصادی مدرس بر امنیت «زراعت»، «تجارت» و «صنعت» تاکید دارد. او سلطه بیگانه، نابودی الگوی بومی، تصدی گری دولت، فساد و بی عدالتی را برهم زننده ی امنیت اقتصادی می داند.
بعد زیست محیطیِ امنیت با ادبیاتی بی همتا در گفتار مدرس خودنمایی می کند. او طبیعت را پیامبرالهی و نابودی آن را پیامبرکشی می داند.
بعد دفاعی امنیت دربرگیرنده ی آمادگی دفاعی به عنوان وظیفه دینی و میهنی و شناسایی جنگ به عنوان بزرگترین تهدید برای جامعه بشری و طبیعت است.
در اندیشه امنیتی مدرس «اسلام»،«یکپارچگی»،«میهن»،«استقلال» و«مردم سالاری» به عنوان مراجع امنیت شناخته می شوند. او خودِ اسلام را فراتر از اصول و فروع آن می داند و بر ضرورت و اهمیت حفظ اسلام و اولویت داشتن این کار تاکید می کند.
جامعیت مفهوم دیگری است که مدرس با کلمات جامع، جامعه و یا جامعیت، در کنار قومیت و یا ملیت از آن یاد می کند؛ و نوآوری خود اوست؛ و به معنای یکپارچگی همراه با حفظ هویت دینی و میهنی است.
در اندیشه ی امنیتی مدرس، وطن نیز به عنوان مرجع امنیت شناخته می شود؛ و باید پاس داشته شود. در نگاه مدرس وطن دارای دو وجه «جغرافیایی» و «انسانی» در یک گستره ی «تاریخی» است.
استقلال ارزش دیگری است که در اندیشه ی امنیتی مدرس در شمار مراجع امنیت شناخته می شود؛ و از این رو باید پاس داشته شود. در نگاه او استقلال حقیقی ذاتی است؛ و اعطای استقلال از سوی دولت های بیگانه نافی خود استقلال است.
در اندیشه ی مدرس چهار ارزش وجود دارد که ما جمع آن ها را مردم سالاری و مرجع امنیت قلمداد می کنیم. این ارزش ها عبارتند از: « مردم را کارساز هر دگرگونی دانستن» ، «انتخابات آزاد»، «مرکز قدرت بودن مجلس»، «خدمتگزار بودن کارگزاران».
مدرس خواست اجتماعی را سرآغاز هر برپایی بهبودگرایانه می داند و براین باور است که در سامان جدید نیز فرمانروایان باید نمایندگان واقعی مردم باشند و به نمایندگی از سوی آنان، و در راستای مصالح و منافع مردم جامعه را اداره نمایند. از این رو در نگاه مدرس، انتخابات به عنوان رویکردی برای سپردن مشروط قدرت مردم به گروهی از برگزیدگان برای اداره جامعه اهمیت ویژه می یابد.
مدرس انتخابات آزاد را بایسته بهسازی همه امور جامعه می داند. برای او معیار سلامت انتخابات این است که مجلس نماینده واقعی ملت ایران باشد؛ تا به نمایندگی از ملت، اداره جامعه را به عهده بگیرد. مدرس برای این دیدگاه خود مبنای شرعی قائل است و خلاف آن را غصب می داند.
در اندیشه مدرس، مجلس در حکومت ملی از آن رو که نماینده مردم است، مرکز قدرت است؛ و اختیار او را هیچ چیز جز شرع و قانون اساسی محدود نمی کند. به عبارت دیگر، در نگاه او مجلس قوه ای در کنار دیگر قوا نیست؛ بلکه از هرحیث بالا دست آن ها و حتی شاه است.
مدرس کارگزاران حکومت در هر سه قوه را مستخدم مردم می داند. و معتقد است حاکمیت وکیل مردم است و نه ولیّ آن ها.
از دیدگاه مدرس «سلطه بیگانه»، «نفوذ اندیشه های انحرافی» و «جنگ» مهم ترین تهدیدها و «نادانی» و «بی حالی» مهم ترین آسیب پذیری های امنیتی ایران به شمار می آید. و «ستم» سری در ورای مرزها دارد؛ که می توان آن را تهدید قلمداد کرد؛ و سری در داخل و فرهنگ ظلم پذیری ما دارد؛ که آسیب شناسی قلمداد می شود.
مدرس سلطه جویی بیگانگان را تهدید، قدرت های بزرگ جهانی به ویژه انگلیس و روسیه را عامل این تهدید و اسلام و استقلال را آماج این تهدید می داند.
جنگ تهدیدی است که در اندیشه ی امنیتی مدرس، آدمی و زیستگاهش را هم زمان آماج خود قرار می دهد. او ریشه جنگ ها را طمع و کینه دانسته و از «فساد و بی اخلاقیِ» پیآمد جنگ، بیش از زیان های جانی آن نگران است. مدرس دوری گزیدن از جنگ را اگرچه دشوار ولی شدنی می داند. مدرس برپایه خاستگاه فکری اش آغاز جنگ را ناپسند می شمرد؛ اما جنگ را واقعیتی می داند که خواه ناخواه به ملت ها تحمیل می شود؛ پس باید برای آن آماده بود.
ستم مفهوم دیگری است که در اندیشه ی امنیتی مدرس، سکه ای دو روست. یک روی آن ستمگری است که تهدید شمرده می شود؛ و روی دیگر آن ستم پذیری است که آسیب پذیری قلمداد می شود. مدرس تهدید ستم را همیشگی و همه جایی و فقط نمود آن را گوناگون می داند. مدرس ستم را از هرکس که سربزند، ناپسند می انگارد؛ و تفاوتی میان خودی و دیگری نمی گذارد. او «سرشت» ستم استعمار خارجی و استبداد داخلی را یکی، «کارکرد» آن ها را مکمل یکدیگر و «پیآمد» هر دو را تباهی کشور می داند.
نادانی در نظر مدرس، مهم ترین آسیب پذیری هر جامعه، ازجمله امت اسلامی و مردم ایران است. او هر جنبش بهبود گرایانه را بدون آگاهی عمومی، بیهوده و حتی زیان بار می داند؛ و برآنست که اگر مردم جاهل را به هر شیوه از چاهی بیرون آورید؛ آن ها دوباره خود را به منجلاب دیگری گرفتار می کنند. از این رو، مدرس دانش آموزی در جامعه ی اسلامی را وظیفه ای همگانی و آموزش عمومی را در شمار حقوق انسانی و به عهده دولت ها و نیازمند برنامه ریزی ژرف نگرانه می داند.
مدرس سستی و تنبلی را آسیب پذیری دیگری می داند که تهدیدها را علیه امنیت امت اسلامی وملت ایران برمی انگیزد. سستی و کاهلی آن هنگام زیان بارتر می شود؛ که دامن برگزیدگان جامعه را می گیرد.
در اندیشه امنیتی مدرس برای امنیت سازی بهره گیری از شیوه ها و ابزارهای نرم، نیمه سخت و سخت سفارش می شود. این روش ها عبارتند از: آگاهی بخشی، دادگستری، تدبیر، آمادگی دفاعی، و سرانجام آمیزه ای از بخشش، چشم پوشی و نادیده انگاری.
مدرس پیش و بیش از هرچیز آگاهی بخشی به مردم را پدیدآوردنده امنیت می شمارد. او که سلطه جویی قدرت های بزرگ و استبداد وابسته به آنان را بزرگ ترین تهدید امنیتی می داند؛ آگاهی عمومی را چاره کار قلمداد می کند.
در اندیشه ی امنیتی مدرس دادگستری به عنوان سازوکاری امنیت ساز شناخته می شود؛ که بار سنگین آن بر دوش حکومت و فرمانروایان است. او بی عدالتی را برهم زننده ی بنیاد های اجتماعی و مایه نابودی کشور و حکومت می داند.
مدرس تدبیرسیاسی و هوشمندی را نیز رویکردی برای دوری گزیدن از تهدیدهای امنیتی می داند. در نگاه او تهدیدهای خارجی بسیار جدی هستند؛ ولی تدبیر را دست کم به عنوان یکی از رویکردهای روبرو شدن با آن ها می شناسد. با آن که مدرس سلطه ستیز است؛ دفاع را دستور دین و آمادگی دفاعی را حکم عقل می داند؛ ولی برای او تدبیر سیاسی اهمیت ویژه دارد.
مدرس آمادگی دفاعی را رویکردی برای امنیت سازی می داند. این رویکرد دربرگیرنده: فراهم ساختن شمار سربازان از راه خدمت وظیفه ی همگانی، ایجاد حس سربازی در ارتش و تجهیز ارتش به سازوبرگ روز است. مدرس ارتش را مهم ترین ابزار پدیدآوری امنیت در سطح ملی، در هر دو بعد داخلی و خارجی می داند.
رویکرد دیگری که در اندیشه ی امنیتی مدرس امنیت ساز به شمار می آید، آمیزه ای از بخشش، چشم پوشی و نادیده انگاری است. او خیانت کارانِ پشیمان را سزاوار بخشش، لغزش های کوچک و بزرگ را شایسته چشم پوشی و نادیده انگاری را هنر حکمرانی می داند؛ و با این نگاه در پی یکپارچگی دینی و میهنی، در برابر بیگانگان متجاوز است. این رویکرد مدرس را در شمار سیاستگران «واقع گرا» و «وحدت گرا» قرار می دهد.
مدرس قدرت را اساس سیاست می داند. در نگاه او گستره ی سیاست، میدان پیشی گرفتن قدرت ها بر یکدیگر است؛ و پذیرفتنی است که دارنده قدرتِ بیش تر، اراده اش پیاده شود. این کار دور از اخلاق نیست؛ چون آیین کار سیاسی است؛ و نباید دستآویز گلایه و کینه توزی قرار گیرد.
مدرس، منشاء قدرت را «اراده ی فردی» و «اراده ی اجتماعی» می داند؛ و تصریح دارد که عقل، اداره ی جامعه بر اساس اراده ی اجتماعی را تایید می کند.
نگاه مدرس به سرچشمه های قدرت با چارچوب فکری حاکم بر زمان خودش تفاوت دارد. او «طبیعت ملت»، «یکپارچگی و پیروی از رهبران » و «ارتش» را از سرچشمه های قدرت می داند. مفهوم «طبیعتِ ملت» نوآوری مدرس و نشانگر نگرش واقع بینانه او به امور اجتماعی است. در اندیشه امنیتی مدرس طبیعت ملت ریشه دارترین و والاترین سرچشمه قدرت است. سرچشمه ای که نیرویی شکست ناپذیر برای کشور می آفریند. از نظر او طبیعت ملت، هواداری بیش تر مردم از یک حقیقت است.
مدرس، ارتش توانا را نیز از سرچشمه های قدرت کشور می داند. چنین به نظر می رسد که دیدگاه مدرس در باره ارتش بنیاد اعتقادی دارد؛ و تنها یک رفتار سیاسی و به فراخور زمان نیست.
مدرس «پایداری»، «آبادانی»، «بهسازی» و«پیشرفت» جامعه را آرمان امنیت می داند. پایداری در اندیشه مدرس با رویکرد سلبی مستلزم «نبود ناامنی گسترده»، و با رویکرد ایجابی دربرگیرنده «یکپارچگی با حفظ هویت» است. چنین حالتی اولین سطح از آرمان امنیت و بستر نیل به آبادی، بهسازی و پیشرفت است؛ که مراتب والاتر آرمان امنیت هستند.