آزادی در اندیشه شهید مطهری در شمار مراجع امنیت است؛ یعنی ارزشی است که باید صیانت شود؛ و جنگیدن برای حفظ، یا به دست آوردن آن موجه است.
شهید مطهری آزادی را در شمار مقدسات بشر دانسته و می گوید: «مقدسات بشر چیست؟ عدالت یکی از مقدسات بشر است. آزادی یکی از مقدسات بشر است. احسان یکی از مقدسات بشر است. امنیت یکی از مقدسات بشر است. راستی، درستی، امانت یکی دیگر از مقدسات بشر است.» ( پانزده گفتار صفحه19)
همچنین آزادی را یکی از سه نیاز اساسی همه موجودات زنده و آدمی دانسته و می گوید: «موجودات زنده برای رشد و تکامل به سه چیز احتیاج دارند: 1. تربیت 2. امنیت 3. آزادی.» (آزادی معنوی صفحه12)
آزادی در اندیشه شهید مطهری به معنی رها بودن از موانع رشد است. او آزادی را این گونه تعریف می کند: «آزادی یعنی چه؟ یعنی جلوی راهش را نگیرند، پیش رویش مانع ایجاد نکنند. ممکن است یک موجود زنده امنیت داشته باشد، عوامل رشد هم داشته باشد، ولی درعین حال موانع جلوی رشدش را بگیرند. فرض کنید که شما می‌خواهید گیاهی را رشد بدهید، علاوه بر همه شرایط دیگر، باید محیط برای رشد او از نظر عدم موانع مساعد باشد؛ مانعی در کار نباشد که جلوی رشدش را بگیرد. مثلاً یک درخت وقتی می‌خواهد رشد کند باید جلویش فضای بازی باشد. اگر شما نهالی را در زمین بکارید درحالی که بالای آن یک سقف بزرگی باشد، ولو این نهال، نهال چنار باشد، امکان رشد برای آن نیست. هر موجود زنده‌ای که می‌خواهد راه رشد و تکامل را طی کند، یکی ازاحتیاجاتش آزادی است. پس آزادی یعنی چه؟ یعنی نبودن مانع. انسان های آزاد انسان هایی هستند که با موانعی که در جلوی رشد و تکامل شان هست مبارزه می‌کنند؛ و تن به وجود مانع نمی‌دهند.» (آزادی معنوی صفحه12)
شهید مطهری آزادی انسان ها را به دو قسم آزادی حیوانی و آزادی انسانی تقسیم نموده و می گوید:« آزادی حیوانی یعنی آزادی شهوات، آزادی هوا و هوس ها، آزادی تمایل به جنایت ها، و اگر به زبان قدما بخواهیم بحث کنیم، باید بگوییم آزادی قوه غضبیه و آزادی قوه شهویه. معلوم است آن واقعیتی که مقدس است آزادی حیوانی نیست؛ آزادی انسانی است. انسان استعدادهایی دارد برتر و بالاتر از استعدادهای حیوانی. این استعدادها یا از مقوله عواطف و گرایش ها و تمایلات عالی انسانی است؛ و یا از مقوله ادراک ها و دریافت ها و اندیشه هاست. در آزادی تعقل، آزادی تفکر و نیز آزادی ابراز احساس ها و عواطف عالیه انسانی جای هیچ گونه بحثی نمی تواند باشد. آن کسی هم که عملا ضد آزادی است نمی تواند لااقل در بیان خودش بگوید من مخالف آزادی هستم.» (مجموعه آثار استاد شهید مطهری، ج24، ص: 121)
شهید مطهری بین آزادی اندیشه و آزادی عقیده نیز تفاوت قائل شده و آزادی مقدس را آزادی اندیشه می داند؛ نه آزادی عقیده. او می گوید: « فرق است میان آزادی عقیده و آزادی تفکر. تفکر یعنی همان استعداد انسانی بشر که می تواند در مسائل، علمی و منطقی بیندیشد. این استعداد حتما باید آزاد باشد. پیشرفت و تکامل بشر در گرو این آزادی است. اما عقیده، می دانیم هر عقیده ای ناشی از تفکر نیست. بسیاری از عقاید بشر ناشی از یک سلسله عادت ها، تقلیدها و تعصب هاست؛ نه این که چون فکر کرده این عقیده را گرفته است؛ بلکه چون عادت کرده، به این عقیده چسبیده است. این عقیده نوعی انعقاد است. یعنی فکر و اندیشه اش به جای این که باز باشد بسته و منعقد شده و بر عکس، آن قوه مقدس تفکر به دلیل این انعقاد و بستگی در درونش اسیر شده. آن آدمی که یک سنگ یا چوب و ساخته دست خودش را می پرستد، آیا نشسته علمی و منطقی فکر کرده و علم و منطق او وی را رسانده به این که این بت را بپرستد؟ تفکر آزاد است، حالا که تفکر آزاد است پس این آقای بت پرست باید آزاد باشد برای این که بت را بپرستد؛ یا نه، عقل و فکر این شخص اسیر است؛ باید کاری کنیم که عقل و فکر او را از اسارت این عقیده آزاد کنیم، کاری را بکنیم که ابراهیم خلیل اللَّه و بت شکن کرد. (مجموعه آثار استاد شهید مطهری، ج24، ص121)
او سپس آزادی اندیشه را ملاک حق بودن مکاتب دانسته و می گوید: « هر مکتبی که به ایدئولوژی خودش ایمان و اعتماد دارد ناچار طرفدار آزادی اندیشه و تفکر است. هر مکتبی که ایمان و اعتمادی به خود ندارد جلو آزادی اندیشه و تفکر را می گیرد، می خواهد مردم را در یک محدوده خاصی نگه دارد؛ و نگذارد که تفکر کنند یا فکر خود را ابراز کنند.» (مجموعه آثار استاد شهید مطهری، ج24، ص123)
خاستگاه تمامی مکاتب امنیتی مطرح در دنیای امروز کشورهای غربی هستند. از زمانی که رآلیست ها در بستر مطالعات استراتژیک، امنیت را در چارچوب علوم نظامی بررسی و آن را با تهدید خارجی تعریف کردند؛ و آنارشی بین المللی را اجتناب ناپذیر و چاره را در خود اتکایی نظامی دانستند؛ و پس از آن لیبرال ها در چارچوب مطالعات روابط بین الملل، ابعاد سیاسی، اقتصادی و اجتماعی را بر امنیت افزودند؛ و صلح جهانی را بین لیبرال دمکراسی ها میسر و لازمه امنیت را علاوه بر رفع تهدید، مستلزم آسایش و رضایت مندی قلمداد کردند؛ و سپس مکتب کپنهاک، در حوزه مستقل تری مطالعات امنیتی را دنبال کرد؛ و تهدید را امری بینا ذهنی برشمرد؛ و با تاکید بر بعد اجتماعی و سطح منطقه ای امنیت، رویکرد امنیتی سازی را مطرح کرد؛ در واقع، آنها همگی داستان تطور مساله امنیت در غرب را روایت نمودند. داستانی که بر تاریخ نیمکره ی شمالی، از جنگ های سی ساله، تا معاهده ی وستفالیا، و آنگاه جنگ های جهانی اول و دوم و سپس دوران جنگ سرد و تا به امروز، منطبق و با روند مسائل امنیتی در سایر کشورها به کلی بیگانه بود. تلاش آنها برای پوشاندن این لباس بر تن کشورهای جنوب، آن قدر بی مناسبت بود؛ که خودشان پی برده و با بر شمردن تفاوت های کشورهای جهان سوم با غرب، مکتب امنیتی جهان سوم را مطرح نمودند. در واقع، مکتب امنیتی جهان سوم، پاسخی به ضرورت بومی گرایی در حوزه مطالعات امنیتی است؛ ولی جنبه تراژدی آن این است که باز هم از سوی غربی ها عرضه می شود؛ و در نتیجه غیر بومی است؛ و تجویزی واحد برای کشورهای کاملا متفاوتی است؛ که وجه مشترک شان توسعه نیافتگی است.